idea de negocio: análisis de orina para no temblar

 La verdad es que desde que existe OnlyFans ya nadie vende Avon.  

En este blog se habla de algunas ideas "revolucionarias" para usar los avance científicos a favor de un pueblo empobrecido. ¿Podrá la ciencia rescatarnos?

En 2018 y 2022 hablamos sobre el revuelo de los nano tubos de carbono para la detección "casera" de indicadores (moléculas?) indicadores de cáncer. En 2023 no hemos realizado el seguimiento correcto de la noticia. La entrada es https://barrosjuan.blogspot.com/2018/02/jack-andraka.html

Ahora seguimos la noticia de otro sitio de noticias de divulgación científica (https://www.thebrighterside.news/post/breakthrough-innovation-can-reveal-signs-of-parkinson-s-disease-in-urine-samples). El artículo indica la creación de una empresa (Tymora Analytical Operations) por parte de la universidad de Purdue para explotar los posibles productos comerciales de la siguiente publicación científica:

https://www.nature.com/articles/s43856-023-00294-w

"Quantitative proteomics and phosphoproteomics of urinary extracellular vesicles define putative diagnostic biosignatures for Parkinson’s disease"  https://doi.org/10.1038/s43856-023-00294-w
 

Para entender los detalles deberíamos leer la publicación y ver si se puede hacer otra start-up / emprendimiento. 

Con el envejecimiento de la población el riesgo de desarrollar Parkinson podría ser alto y qué mejor que poder realizar pruebas de orina para evaluar el riesgo.

Girar hojas de pdf

Una buena guía para cambiar la orientación de las páginas de un pdf con una herramienta gratuita PDFTK sin recurrir a empresas que cobran por todo está en el siguiente enlace.

https://people.uleth.ca/~daniel.odonnell/blog/rotating-one-or-more-pages-in-a-pdf-in-linux

Anteriormente ya les había contado de las bondades de pdftk en la entrada:

https://barrosjuan.blogspot.com/2017/07/pdftk-y-su-pandilla-pdftops-ps2pdf.html

Y la línea que me salvó hoy fue: 90 grados sentido horario de todo el doc

 

pdftk in.pdf cat 1-endeast output out.pdf

Jack Andraka, una carrera que seguir de cerca

fecha inicial del post 2018/02/08 

 
Motivación
Pariente muerto por cancer de páncreas.

Historia
Se interesa al tema y encuentra 2 artículos que tratan el tema. TODO: Cuales son esos artículos?

Método (7 meses)

sangre -> proteínas -> Mesothelin (mesotelina biomarcador)
Micro lesiones del tejido pancreático en estado inicial.
Moléculas anticuerpo (proteínas) que se juntan muy fuerte con los antígenos  objetivo (Mesotelina).

mojar la prueba y ver la variación del potencial eléctrico (voltaje)
limite de positivo es 10 ng/ml mesothelin.

http://www.youtube.com/watch?v=Nq4x8C6Dcf8

Nanotubos de carbono: "They are stronger than steel. They conduct electricity better than copper." + detección de compuestos en Agua (app)
test strips
simple filter paper, which is absorbent enough to soak up the necessary solution of carbon nano­tubes and mesothelin antibodies, and inexpensive.
electrical change, $50 ohmmeter Home Depot.
Plexiglas testing apparatus;  hold the strips as he reads the current.
sewing needles:  electrodes.


-_-_-_-_-_-_-_-_-_-_-_-_--_-_-_-_-_-_-_-_-_-_ TOMADO de WIKIPEDIA

Andraka cultivó células MIA PaCa, de una línea de células de carcinoma pancreático comercial.
La mesatolina fue aislada, concentrada y cuantificada con ELISA.⁶ Luego de la optimización con la prueba inmunoblot, los anticuerpos humanos específicos contra mesotolina, fueron mezclados con nanotubos de pared simple y se usaron para cubrir las tiras de papel filtro simple. Esto hizo al papel conductivo. La estratificación óptima fue determinada utilizando un microscopio electrónico de barrido. El promedio de las células creció con cantidades variantes de mesotolina, luego fue probado contra el papel biosensor y cualquier cambio en la potencia eléctrica de la tira (debido al cambio de conductividad de los nanotubos) fue medido, antes y después de cada aplicación. Específicamente, lo que sucedió fue esto:

Los anticuerpos se unen a la mesotolina y se agrandan. Estas moléculas reforzadas separarían los nanotubos, cambiando propiedad eléctrica de la red: Entre más mesotolina presente, más anticuerpos se unirían y crecerían, y más débil sería la señal eléctrica.⁸

Una curva de respuesta dosificada fue construida con un coeficiente de determinación R² con un valor de.9992. Tests en suero de sangre humana obtenido tanto de gente sana como pacientes pancreatitis crónica, cáncer de páncreas exócrino (un precursos del carcinoma pancreatico), o cáncer pancreático mostraron una similar respuesta. El límite del sensor para la detección de sensitividad fue hallada en 0.156 ng/mL; 10 ng/mL es considerado el nivel de sobreexposición de mesotolina consistente con cáncer pancreático. El sensor de Andraka cuesta $0.03 (comparables con el costo de $800 de una prueba estándar⁹ ) y 10 tests pueden ser realizados por tira. tomando 5 minutos cada uno. El método es 168 más rápido, 26,667 veces menos costos, y 400 veces más sensible que ELISA, y entre 25% y 50% más preciso que el test CA19-9.⁶
Gente de Intel ha asegurado que el método de Andraka es preciso en más del 90% en detectar presencia de mesotolina.1 

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Temas Calientes
A. Como tiene un chico de 15 años acceso a nano tubos de carbono y todo el laboratorio necesario?
Dr  Anirban Maitra (Uni Johns-Hopkins); 1 en 200 investigadores creyeron en su idea al punto de por lo menos tratar de probarla.

B. Cuales son los 2 papers en los que se basó?

En general me interesa conocer el estado de las técnicas desarrolladas, ya están en el mercado? La idea sonó mucho en febrero de 2018, luego de 4 años (2022) es importante seguirle la pista a posibles ideas/inventos para detectar más rápido el cancer.  Especialmente ahora con el escándalo de Elizabeth Holmes y Theranos.

AMOC y ENSO, replicabilidad

 En la entrada https://barrosjuan.blogspot.com/2021/06/boris-y-otros-aparecidos-replicabilidad.html se hablaba de la replicabilidad y como plataformas como GitHub pueden ayudar en el proceso. 

Sin embargo no se citó el artículo ni la base de datos para el estudio. 

pues bueno, limpiando las tabs (pestañas trabadas) encontré el siguiente enlace: 

https://github.com/ncahill89/AMOC-Analysis

Que nos lleva a un código de R utilizado en el estudio:

Caesar, L., McCarthy, G.D., Thornalley, D.J.R. et al. Current Atlantic Meridional Overturning Circulation weakest in last millennium. Nat. Geosci. 14, 118–120 (2021). https://doi.org/10.1038/s41561-021-00699-z

https://www.nature.com/articles/s41561-021-00699-z

No olviden que se puede descargar el archivo sin pagar en el sitio de sci-hub.se ingresando el DOI del artículo.

Sigo buscando algo parecido para ENSO 

BORIS y otros aparecidos: Replicabilidad

 El morbo o morbosidad parece algo intrínseco de los animales que somos. Y cada persona decide sobre qué temas ser morbosa. La vida privada de mis vecinos (el chisme), la muerte de los ecuatorianos que viven en la pobreza (crónica roja). Con el tiempo he desarrollado un gusto morboso por la replicabilidad (reproducción) de ciencia. 

Hace pocos meses al revisar un artículo de divulgación sobre lo lenta que se estaría poniendo la AMOC (vaya a buscar!) , fue posible encontrar el artículo científico sobre el tema. 

Una característica de las revistas "buenas" es la posibilidad de encontrar datos relacionados a los artículos. De la misma forma, github permitió encontrar el código usado para el estudio. Todo esto con el fin de poder replicar los estudios publicados.

Además de los repositorios de datos o conjuntos de datos (data set) privados / comerciales, existe la intención de las universidades de generar estos almacenes de datos. 

Hace poco como parte de un estudio en un proyecto de educación, los datos generados se colocaron en el sitio del socio localizado en Finlandia. El enlace es el siguiente:

https://etsin.fairdata.fi/datasets

Ayer revisaba unas publicaciones en la renombrada revista "Science" sobre un estudio de los últimos 5000 años en los sedimentos de un lago en Ecuador, en la amazonía.  Al revisar sobre los datos usados, encontré el siguiente repositorio localizado en Suiza. Su nombre: BORIS (Bern Open Repository and Information System), y la dirección es la siguiente.

https://boris.unibe.ch/cgi/stats/report 

Todo esto para decir que cada vez que puedo, solicito a los responsables de repositorios de mi universidad o consorcios (CEDIA) que se considere la generación de estos repositorios de conjuntos de datos con los datos generados por las universidades ecuatorianas.  Sin embargo, salvo error de mi parte, no he encontrado ninguna universidad con algo semejante. A seguir solicitando!!

Mapa del patrimonio

Quizás Ecuador no posee gran cantidad de vestigios arqueológicos en comparación con otros países como Perú. Sin embargo, disfruto mucho de descubrir lugares dónde los estudiosos afirman que los humanos visitamos en estos últimos 10 000 años. Ver por ejemplo la entrada (https://barrosjuan.blogspot.com/2018/03/chobshi-y-la-datacion.html)  o (https://barrosjuan.blogspot.com/2017/01/yacu-vinay-ruinas.html).

Hoy deseo contarles sobre una iniciativa que utiliza los sistemas de información geográfica SIG con la información de patrimonio en cualquiera de sus escalas.
Lastimosamente, no se trata de un sitio ecuatoriano pero uno francés. Al consultar a una amiga que trabaja en arqueología me supo direccionar hacia el siguiente portal: http://www.culture.gouv.fr/Thematiques/Archeologie/Etude-recherche/Carte-archeologique-nationale El portal que permite cargar dinámicamente los sitios es: http://atlas.patrimoines.culture.fr/atlas/trunk/

Bueno les dejo explorar estos sitios y también les invito a pensar al algo parecido para nuestro país. 

pdftk y su pandilla pdftops ps2pdf pdfinfo pdfimages

Existe una discusión entre los ñoños sobre el presente y futuro de los datos. Cómo se debe estructurar desde el punto de vista informático un documento portable (PDF)? La tendencia es tratar de separar el contenido del documento de su presentación. Los datos y su presentación podría estar unidos mediante algún tipo de metadato o alguna técnica de hipertexto (alguien dijo XML?).

Lo importante es que al común de los mortales no le interesa perder su tiempo en una discusión tan vanal como esa y prefiere estar de fisgón sobre la vida de sus amigos, utilizando fb por ejemplo.

En algunas ocasiones el problema no es trivial.  Por ejemplo, hoy debía preparar un documento en formato PDF para poder ser enviado e imprimido en algún otro lugar distante. Y es que el código abierto brinda herramientas para por ejemplo:
- obtener las imágenes de un pdf: pdfimages
- obtener el tamaño en puntos de cada una de las páginas: pdfinfo
- realizar cortes o integraciones, separar solo algunas páginas, en general manipulación: pdftk.
- convertir archivos de imagen en otros de tipo pdf: convert

De hecho, pdftk significa ToolKit PDF. Un conjunto  de herramientas para manipular varios aspectos de un pdf.

El problema que se me presentó hoy fue que tenía imágenes escaneadas y las convertí a archivos pdf. Y mediente pdftk pretendía generar un archivo con todos los subdocumentos seleccionados. Pero luego de realizar la integración, al revisar el documento observé que el tamaño de algunas páginas era mayor con respecto  a otras páginas.  Recuerden, en teoría Internet es su amigo. y tras buscar un poco encontré algunas posibles soluciones, algunas no funcionaron.

La solución que funcionó hoy fue convertir el pdf al formato postScript o ps.

pdftops -paper A4 PagsGrandes.pdf nuevoArchivoA4.ps

y luego

ps2pdf nuevoArchivoA4.ps archivoRegulado.pdf

para comprobar el tamaño de las páginas utilizamos, el viejo conocido:

pdfinfo archivoRegulado.pdf

Ahora podemos unir sin ningún problema los archivos con pdftk.

Espero recordar esta nota la próxima vez que tenga este problema.

Inglés para STEM

Hace poco estaba siguiendo el curso de cinco semanas "English for Science, Technology, Engineering, and Mathematics"
Sem. 1. Se está calentando la tierra?
Sem. 2. El efecto invernadero y los humanos
Sem. 3. Impactos del cambio climático en nuestro mundo.

• Sequías - inundaciones, más huracanes más fuertes
• Impactos en plantas y animales: arrecifes de coral blanqueados, sueño en verano, Africa no está preparada 

Sem. 4. Fuentes de energía renovables: Sol, aire, agua. Sal derretida para almacenar calor.

• Nanotecnología - Dr. Haoran Yang. Reutilizar las perdidas por calor a escala nano.
• Energía Azul: cuando agua dulce se une con agua salada el porceso de osmosis genera energía.  https://share.america.gov/blue-energy-could-be-another-way-to-go-green/ 
• Mini plantas nucleares para cada hogar. http://www.voanews.com/a/britain-nuclear-power/3470331.html

Sem. 5. ¿Qué trae el futuro?

• Nanotecnología. Capturar CO2 cerca de minas de carbono y convertir el gas en piedras. ver reporte en Science. 
• Bio filtro hecho a partir de cáscaras de mani, para capturar más CO2 por las bacterias que en él vivien.
• Fotosíntesis artificial y sus ventajas para luchar contra el cambio climático. Berkeley Labs. 
• Granjas verticales que utilizan menos agua, menos fertilizantes y sin pesticidas. AeroFarm.

Sin duda un curso interesante de coursera y la universidad de Pennsilvania. Lo que me parece materializable en el país son las granjas verticales.

En búsqueda de los datos abiertos

En alguna ocasión hablé con mi amigo Razvan sobre su pasantía en informática en una empresa de bici pública. Su trabajo consistía en encontrar métodos para depurar la información almacenada por los sensores de la bicicleta.  De hecho las bicicletas tenían una batería y algo de memoria y procesamiento para registrar los valores de velocidad, distancia, en algunos casos posición? Y luego con los datos depurados se procedía a analizar y encontrar información importante sobre el uso del sistema.
Un ejemplo de error sería: uno de los sensores indica un viaje de 100 km en el tiempo de una hora.
Hace poco, me encontré con alguien de Guadalajara México y me comentaba sobre su trabajo a cargo de la empresa que brinda el servicio de bici pública en esa ciudad. Según me explicó, en 2010 el censo indicó que la población es de al rededor de 6 millones de personas en su ciudad.
El sitio web para obtener más información sobre la bici pública es:

https://www.mibici.net/es/

236 estaciones y 2000 bicicletas.

El punto interesante fue mi sorpresa al preguntar sobre la información del uso con respecto al tiempo. Al parecer la información está disponible en el sitio web para que los curiosos como yo la puedan descargar y ver si pueden hacer cosas interesantes con ella. A continuación la dirección:

https://www.mibici.net/es/datos-abiertos/

20 500 personas registradas y 2.5 millones de viajes.

Además me contaron que también han realizado algunos hackatrones para ver con qué salen las personas al darles tal cantidad de datos para jugar. Talvez mapas de calor o algún otro tipo de comportamiento desde la extracción de datos.  Un hackatron, es una especie de festival en dónde se trata de manipular o explotar nuestro cococimiento de un algo  o un sistema para que haga algo completamente nuevo o diferente, es este caso es encontrar datos curiosos sobre el uso del sistema de bici pública en la ciudad.
 Al parecer las personas sacan la bicicleta para realizar vueltas cortas de al rededor de 15 minutos y por lo general vuelven a dejar la bicicleta en la misma estación.
Quién sabe y se trata de datos valiosos para realizar ejercicios de minería de datos (data mining) o algo más. Un caso interesante sin duda para ser examinado desde un punto de vista histórico; pasando por el desarrollo inicial (homemade) del sistema, hasta llegar a niveles de carga y de rendimiento que justifiquen el uso de infraestructura Canadiense de hardware y de software. Un caso de estudio para la ingeniería.
Es también un caso de estudio interesante cuando estamos a la puerta de la implementación de un sistema parecido en Cuenca-Ecuador y nos interesa la replicabilidad de los resultados.

Replicabilidad de resultados

Parte de la academia implica la replicación de los resultados. 
Deseo replicar el experimento realizado en el siguiente artículo.

"Vehicle Detection, Tracking and Classification in Urban Traffic". Zezhi Chen, Tim Ellis, Sergio A Velastin SMIEEE . 2012 15th International IEEE Conference on Intelligent Transportation Systems. Anchorage, Alaska, USA, September 16-19, 2012.


El artículo ocupa y genera librerías en MATLAB para funcionar.  Deseo explorar otras alternativas al software privado. Se pretende usar C++ con openCV o también Java.

Utilizar lo más novedoso del análisis de imágenes para realizar un contador ya sea en ON o en OFF de la utilización del espacio público.  Bueno resulta que la idea ya esta en marcha y hasta empresas están trabajando en el tema. Ver el caso de NUMINA.

https://nextcity.org/daily/entry/counting-bikes-pedestrians-numina-startup

El objetivo es obtener datos reales para argumentar cambios. Ver por ejemplo el informe gringo
http://www.bikeleague.org/sites/default/files/ACS_report_final_forweb_2.pdf

Como se indica en el sitio WEB.
http://www.bikeleague.org/content/new-report-where-we-ride