Constraint violation for package 'com.sun.xml.bind.api'

Hace algún tiempo realice unas pruebas sobre un servidor de aplicaciones glassfish y cometí algunos errores. Por ejemplo, instalé la versión 4 y cuando requería subir el archivo zip de aplicación (.war) me di cuenta que la versión necesaria era en realidad la número 3. Entonces desinstalar y probar con la versión 3.
De la misma forma alguna de las aplicaciones que estaba instalando venía con una versión diferente a la librería con la que viene glassfish. Entonces se guardaron ambas versiones de la librería. Ya saben las librerías permiten organizar y separar la funcionalidad en diferentes archivos. Se guardaron ambas versiones y al parecer el servidor soportaba las dos versiones al mismo tiempo. Los servidores pasan grandes periodos sin reiniciarse ni apagarse.
Hace poco, el servidor fue apagado y reiniciado, y desde entonces las aplicaciones del servidor de aplicaciones no han vuelto a funcionar.
Para poder entender qué es lo que pasa, es necesario revisar los archivos de bitácora, o comúnmente conocidos como logs .
He aquí el consejo, por no haber documentado que se realizó el cambio estuve varias horas buscando el problema. En realidad solo se requería utilizar el archivo que viene por defecto con el servidor de aplicaciones y reiniciar el servicio.
No olvidar documentar cualquier cambio que se realice.

comandos

comenzar glassfish
$HOME/glassfish/glassfish/bin/asadmin start-domain domain1
detener glassfish
$HOME/glassfish/glassfish/bin/asadmin stop-domain domain1

desplegar un war
$HOME/glassfish/glassfish/bin/asadmin deploy hello.war

actualizar
$HOME/glassfish/glassfish/bin/asadmin redeploy  --force hello.war

replegar un war
$HOME/glassfish/glassfish/bin/asadmin undeploy hello

modificar configuración de web Server

Instalando una aplicación que utiliza Hibernate, aparecen errores de falta de memoria. La forma de solucionar eso en Glassfish esta en el siguiente enlace.

https://open.bekk.no/glassfish-production-tuning


NO FUNCIONO
--------------------------
La instalaci[on no funciona todav[ia, entonces se verifica la siguiente p[agina
http://www.anthoniraj.com/university-timetabling-system-unitime/

el archivo a modificar es :
-Djava.security.auth.login.config=${com.sun.aas.instanceRoot}/config/login.conf

 agregando
Timetabling {
org.unitime.timetable.authenticate.jaas.DbAuthenticateModule required;
};
 --------------------------
se trata de obtener informaci[on de debug agregando al archivo logging.properties
log4j.logger.org.unitime.timetable.authenticate.jaas=DEBUG

log4j.appender.unitimeLogFile=org.apache.log4j.DailyRollingFileAppender
log4j.appender.unitimeLogFile.File=${com.sun.aas.instanceRoot}/logs/unitime-debug.log
log4j.appender.unitimeLogFile.DatePattern='.'yyyy-MM-dd
log4j.appender.unitimeLogFile.Append=true
log4j.appender.unitimeLogFile.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.unitimeLogFile.layout.ConversionPattern=[%-d{MM/dd/yy HH:mm:ss}] %-6p %c{1} -> %m%n
log4j.logger.org.unitime=DEBUG, unitimeLogFile
log4j.logger.net.sf.cpsolver=DEBUG, unitimeLogFile